dimanche 8 octobre 2000 17:44

Applied and environmental microbiology 10-00 Improved Template Preparation for PCR-Based Assays for Detection of Food-Borne Bacterial Pathogens
http://aem.asm.org/cgi/content/abstract/66/10/4539

PCR for Detection of Shigella spp. in Mayonnaise
http://aem.asm.org/cgi/content/full/64/4/1242?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=%22salmonella+panama%22&searchid=971013436804_6220&stored_search=&FIRSTINDEX=&journalcode=aem
ou
http://aem.asm.org/cgi/reprint/64/4/1242.pdf

mardi 14 mai 2002 22:03

Food Safety Magazine (via FS-NET)  Dec-Jan 2002 Au sommaire :
 INSIDE MICROBIOLOGY: AN INSIDER'S VIEW INTO THE USE OF PCR IN THE FOOD INDUSTRY

http://archives.foodsafetynetwork.ca/fsnet/2002/5-2002/fsnet_may_14.htm

jeudi 16 mai 2002 20:28

PCR.dk - An European research project for standardization of Polymerase Chain Reaction  (PCR) for detection of food-borne pathogens
http://www.pcr.dk/

vendredi 9 août 2002 08:17

VETSCITE 08/08/02 Software to design real time PCR probes

http://www.vetscite.org/publish/items/000720/

lundi 9 décembre 2002 08:14

Poultry International, June 1999 PCR, An Increasingly Used Diagnostic Tool
http://www.wattnet.com/Archives/Docs/699pib.pdf?CFID=25710&CFTOKEN=74030876

vendredi 9 janvier 2004 09:27

FOOD MICROBIOLOGY FEV 2004 Rapid detection of Salmonella from vegetable rinse-water using real-time PCR
http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WFP-49XWVF1-B&_user=10&_handle=W-WA-A-A-AD-MsSAYZA-UUW-AUDBDEYYWZ-AYUVAUEAA-AD-U&_fmt=full&_coverDate=02%2F29%2F2004&_rdoc=10&_orig=browse&_srch=%23toc%236800%232004%23999789998%23469321!&_cdi=6800&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=8c0bbf94111739b9bd572a2e09c4a9b8

mercredi 4 février 2004 09:13

REVIEWS IN BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY BY THE MOROCCAN SOCIETY OF BIOLOGY IN CANADA
La PCR en temps réel: principes et applications

http://www.collegeahuntsic.qc.ca/pagesdept/biologie/Programmes/Biotechnologies/210-113-AH/PCR.pdf

vendredi 6 février 2004 12:14

INTERNATL MICROBIOL 2000 Rapid identification of Salmonella typhimurium, S. enteritidis and S. virchow isolates by Polymerase Chain Reaction based fingerprinting methods
http://www.im.microbios.org/09march00/07%20Bennasar.pdf

INTERNATL MICROBIOL 2000 Detection of Salmonella in food samples by the combination of immunomagnetic separation and PCR assay
http://www.im.microbios.org/12december00/05%20Jenikova.pdf

LUNDI 06 DECEMBRE 2004

ANNALES DE MEDECINE VETERINAIRE 2004 Détection des contaminants viraux sanguins chez l’homme par PCR., Ann. Med. Vet., 2004, 148 (S), pages 42-46
http://www.facmv.ulg.ac.be/amv/articles/2004_148_S_13.pdf

MERCREDI 23 FEVRIER 2005

Emerging Infectious Diseases journal Vol. 11, No. 3, March 2005, is now
available on the Web.
http://www.cdc.gov/ncidod/EID/index.htm

Au sommaire:

Rapid Identification of Emerging Pathogens, R. Sampath et al.
http://www.cdc.gov/ncidod/EID/vol11no03/04-0629.htm

MERCREDI 10 AOUT 2005

DOSSIER PCR
___________

FOOD NAVIGATOR 09/08/05 Technique detects wide array of pathogens (PCR)
http://www.foodnavigator.com/news/news-ng.asp?n=61786-technique-detects-wide

Autres informations concernant la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) :

- Explications générales et normes

WIKIPEDIA - Réaction en chaîne par polymérase
http://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9action_en_cha%C3%AEne_par_polym%C3%A9rase

WIKIPEDIA - Techniques de biologie moléculaire
http://fr.wikipedia.org/wiki/Techniques_de_biologie_mol%C3%A9culaire

ENS - Introduction à la Biologie Moléculaire
http://www.lps.ens.fr/~vincent/courdea/my_biomol.pdf

Reviews in Biology and Biotechnology Vol.2, No 2, December 2002. pp.2-11 La PCR en temps réel: principes et applications
http://www.collegeahuntsic.qc.ca/pagesdept/biologie/Programmes/Biotechnologies/210-113-AH/PCR.pdf

LABORATOIRE Marcel MERIEUX 16/12/04 La PCR en temps réel (Real-Time PCR)
http://www.biospeonline.com/download/FC_2004_2005/PCR_DENOYEL.pdf

DNA from the Beginning
http://www.dnaftb.org/dnaftb/

PCR and multiplex PCR guide
http://info.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/Guide.html

The World Famous PCR Jump Station: Polymerase Chain Reaction
http://www.highveld.com/pages/pcr.html

UNIVERSITE DE LYON - LES TECHNIQUES DE BASE DE LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
http://spiral.univ-lyon1.fr/polycops/BiologieMoleculaire/BiologieMoleculaire-5.html

INSTITUT LOUIS MALARDE - La PCR est une technique de biologie moléculaire mise au point en 1985, par Karry Mullis. C'est une technique d'amplification génique, c'est-à-dire qu'elle permet de repérer un fragment d'ADN ou de gène précis, même présent en quantité infime dans un mélange, puis de le multiplier rapidement.
http://www.ilm.pf/PCR-texte.html

INSTITUT LOUIS MALARDE - La PCR moustiques
http://www.ilm.pf/fi-pcr-moustiques.html

JORF 15/06/05 Avis relatif à l'homologation et à l'annulation de normes
http://www.legifrance.gouv.fr/WAspad/UnTexteDeJorf?numjo=INDI0510029V

En application du décret n° 84-74 du 26 janvier 1984 modifié, en l'absence d'opposition du délégué interministériel aux normes, le conseil d'administration de l'Association française de normalisation, par décision n° 2005-22 du 20 mai 2005, a prononcé :
A. - L'homologation, pour prendre effet à compter du 20 juin 2005, des 37 normes françaises suivantes : AGROALIMENTAIRE NF EN ISO 22174. - Microbiologie des
aliments. - Réaction de polymérisation en chaîne (PCR) pour la recherche de micro-organismes pathogènes dans les aliments. - Exigences générales et définitions (indice de classement : V08-410).

- Applications en alimentation

FOOD NAVIGATOR 24/06/03 Detecting pathogens in dry dairy ingredients DuPont Qualicon has a new addition to its BAX system line of diagnostic tests - the BAX system PCR assay for detecting Enterobacter sakazakii in infant formula, dry dairy and soy ingredients....
http://www.foodnavigator.com/news/news.asp?id=7866

INTERNATL MICROBIOL 2000 Detection of Salmonella in food samples by the combination of immunomagnetic separation and PCR assay
http://www.im.microbios.org/12december00/05%20Jenikova.pdf

Laboratory and Epidemiology Communications 24/07/01 Sensitive Detection of Cryptosporidium Oocysts in Environmental Water Samples by Reverse Transcription-
PCR
http://www.nih.go.jp/JJID/LEC-110.html

Int J Syst Evol Microbiol Janvier 1998 Comparison of PCR-based DNA fingerprinting techniques for the identification of Listeria species and their use for atypical Listeria isolates
http://ijs.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/48/1/127

Int J Syst Evol Microbiol Janvier 1998 Differentiation and species identification of yeasts using
http://ijs.sgmjournals.org/cgi/content/abstract/48/1/279

University of Helsinki, Academic Dissertation, June 1999. Detection, Quantification and Characterization of Food Related Microorganisms Using
Molecular and Physiological Methods
Vesa Mäntynen
http://ethesis.helsinki.fi/julkaisut/maa/skemi/vk/mantynen/

PCR.dk - An European research project for standardization of Polymerase Chain Reaction (PCR) for detection of food-borne pathogens
http://www.pcr.dk/

- Applications en médecine humaine

Université Catholique de Louvain - Apport de la PCR en temps réel en maladies infectieuses - Séminaire de Pathologie Infectieuse - 25 octobre 2001
http://www.md.ucl.ac.be/seminfect/dia-stainier-25-10-01/

BIOLOGICAL RESEARCH v.35 n.3-4 Santiago 2002 Characterization by PCR of Vibrio parahaemolyticus isolates collected during the 1997-1998 Chilean outbreak
http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602002000300017&lng=es&nrm=iso&tlng=en

BIOLOGICAL RESEARCH v.35 n.3-4 Santiago 2002 Characterization by PCR of Vibrio parahaemolyticus isolates collected during the 1997-1998 Chilean outbreak
http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602002000300017&lng=es&nrm=iso&tlng=en

ANNALS OF SAUDI MEDICINE MAI/JUILLET 2000 Evaluation of PCR, Culture and Serology for the Diagnosis of Acute Human Brucellosis
http://www.kfshrc.edu.sa/annals/html/toc203_204.html

BMC INFECTIOUS DISEASE 28/04/03 Diagnosis of recent and relapsed cases of human brucellosis by PCR assay [résumé – article complet]
http://www.biomedcentral.com/1471-2180/1/25

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2180-1-25.pdf

EUROFINS 06/10/03 Eurofins lance le premier test de criblage PCR multi- allergènes
http://www.eurofins.fr/actualites/communiques_de_presse/2003_10_06.asp

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Janvier 2003 Au sommaire :
Detection and Differentiation of Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar Isolates in Clinical Samples by PCR and Enzyme-Linked Immunosorbent Assay
Evaluation of 11 PCR Assays for Species-Level Identification of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli
Development and Evaluation of a PCR-Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for
Diagnosis of Human Brucellosis
http://jcm.asm.org/content/vol41/issue1/index.shtml

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Mai 2003 Au sommaire :
Multiplex PCR for Detection of Three Plasmid-Borne Genes of Enteroaggregative Escherichia coli Strains
http://jcm.asm.org/content/vol41/issue5/index.shtml

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Février 2002 Au sommaire : Detection of Pathogenic Yersinia enterocolitica by a Rapid and Sensitive Duplex PCR Assay
http://jcm.asm.org/content/vol40/issue2/index.shtml

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Octobre 2001 Au sommaire : Molecular Analysis of a Hospital Cafeteria-Associated Salmonellosis Outbreak Using Modified
Repetitive Element PCR Fingerprinting
http://jcm.asm.org/content/vol39/issue10/index.shtml

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Décembre 2001 Au sommaire : Detection of Pathogenic Yersinia enterocolitica by a Rapid and Sensitive Duplex PCR Assay
http://jcm.asm.org/content/vol39/issue12/index.shtml

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Juin 2002 Au sommaire :
Rapid Detection and Quantification of RNA of Ebola and Marburg Viruses, Lassa
Virus, Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus, Rift Valley Fever Virus, Dengue
Virus, and Yellow Fever Virus by Real-Time Reverse Transcription-PCR
http://jcm.asm.org/content/vol40/issue6/index.shtml

Emerging Infectious Diseases journal Vol. 11, No. 3, March 2005, Rapid Identification of Emerging Pathogens, R. Sampath et al.
http://www.cdc.gov/ncidod/EID/vol11no03/04-0629.htm

CDC - Traditional and Molecular Techniques for the Study of Emerging Bacterial Diseases: One Laboratory's Perspective?
http://www.cdc.gov/ncidod/EID/vol8no2/01-0141.htm

MICROBIOLOGY TODAY FEVRIER 2001 The use of molecular techniques to detect antimicrobial resistance in clinical bacterial isolates [Acrobat PDF]
http://www.socgenmicrobiol.org.uk/pubs/micro_today/pdf/020105.pdf

- Applications en pathologie animale

ADIA NEWS DECEMBRE 2002 Les prélèvements destinés à la PCR

http://www.adiagene.com/liens/adianews6.pdf

ADIA NEWS SEPTEMBRE 2002 La PCR en temps réel et le diagnostic vétérinaire

http://www.adiagene.com/liens/adianews5.pdf

ADIA NEWS - Le diagnostic et le suivi de la maladie des muqueuses : Intérêt de la RT-PCR, méthode de détection du génome vir

http://www.adiagene.com/liens/adianews5.pdf

ADIA NEWS SEPTEMBRE 2001 DOSSIER SPECIAL ACTINOBACILLOSE

http://www.adiagene.com/liens/adianews2.pdf

ADIA NEWS AVRIL 2001 Adiagène était présent en mars dernier à NANTES pour le rendez vous annuel
du monde de la recherche avicole. L'occasion de présenter, en collaboration avec le laboratoire Labofarm, de nouvelles applications de la PCR pour l'aide à
l'assainissement des élevages.

http://www.adiagene.com/liens/adianews1.pdf

ADIA NEWS JUIN 2003 Le diagnostic du BVD - Cas particulier de la PCR

http://www.adiagene.com/adiavetbvd.html

ADIA NEWS DECEMBRE 2003 ADIAPURE OPTIMISE LES PERFORMANCES DE LA PCR PARATUBERCULOSE

http://www.adiagene.com/liens/adianews8.pdf

ADIA NEWS JUIN 2004 PCR Coxiella burnetii et fièvre Q

http://www.adiagene.com/adiavetcox.html

INRA RENNES 2004 Quantification du génome du circovirus porcin de type 2 (PCV2) par PCR en temps réel et corrélation avec la maladie d'amaigrissement du
porcelet (MAP).
http://www.rennes.inra.fr/umrvp/jrp/2004/04txtSante/05s.pdf

ANNALES DE MEDECINE VETERINAIRE 2004 Au sommaire:
Détection des contaminants viraux sanguins chez l'homme par PCR., Ann.
Med. Vet., 2004, 148 (S), pages 42-46
http://www.facmv.ulg.ac.be/amv/resultsearch.php?type=index&num=21

The Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine - Sélection de fiches techniques (illustrées en 1 à 2 pages) : Detection of Mycoplasma
hyopneumoniae in porcine nasal swabs using real-time PCR.

http://www.svepm.org.uk/posters/2004/Zeeh.zip

FDA VETERINARIAN JAN/FEV 2004 CVM Scientists Develop PCR Test to Determine
Source of Animal Products in Feed, Pet Food
http://www.fda.gov/cvm/Jan-Feb04Vet.htm

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Janvier 2003 Rapid Detection of Classical Swine Fever Virus by a Portable Real-Time Reverse Transcriptase PCR Assay
http://jcm.asm.org/content/vol41/issue1/index.shtml

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Juillet 2001 Development of a Rapid and Sensitive Test for Identification of Major Pathogens in Bovine Mastitis by PCR
http://jcm.asm.org/content/vol39/issue7/index.shtml

JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY Avril 2002 Au sommaire : Detection by Reverse Transcription-PCR and Genetic Characterization of Field Isolates of Swine
Hepatitis E Virus from Pigs in Different Geographic Regions of the United States
http://jcm.asm.org/content/vol40/issue4/index.shtml

INT-RES 05/12/01 Detection of infectious salmon anaemia virus (ISAV) by RT-PCR after cohabitant exposure in Atlantic salmon Salmo salar
http://www.int-res.com/articles/dao/47/d047p175.pdf

Poultry International, June 1999 PCR, An Increasingly Used Diagnostic Tool
http://www.wattnet.com/Archives/Docs/699pib.pdf?CFID=25710&CFTOKEN=74030876

RECOMBINOMICS 12/07/05 H5 in Philippines Low Pathogenic By PCR (07/12/05)
http://www.recombinomics.com/News/07120501/H5_Philippines_PCR.html

- Applications en pathologies végétales et biotechnologie

Applied and Environmental Microbiology June 2000 Detection of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi in Olive Plants by Enrichment and PCR
http://aem.asm.org/cgi/content/full/66/6/2673

SMART CYCLER Août 2001 Real-time fluorescent PCR detection of fungal plant pathogens using the Smart Cycler
http://www.cepheid.com/Sites/cepheid/litpdfs/fungal_plant_pathogens.pdf

Journal of Biological Sciences 5(3): 283-288, 2005 Determination of cryIAb and cryIAc Copy Number in Transgenic Basmati 370 Rice (Oryza sativa L.) Plants Using
Real-time PCR and its Comparison with Southern Blot
http://www.ansinet.org/fulltext/jbs/jbs53283-288.pdf

STATION FEDERALE DE RECHERCHES EN PRODUCTION ANIMALE 05/06/01 MÉTHODE D'ESSAI - Organismes génétiquement modifiés - Recherche quantitative du promoteur 35S dans les aliments pour animaux par la technique de polymerase chain reaction directe (real-time PCR)
http://www.sar.admin.ch/rap/fr/fodder/gvo_methode_Juni01.pdf

MERCREDI 30 NOVEMBRE 2005

JAMAICA INFORMATION 29/11/05 Lab Technicians to Benefit from Training in Elisa Technique
http://www.jis.gov.jm/health/html/20051127T120000-0500_7467_JIS_LAB_TECHNICIANS_TO_BENEFIT_FROM_TRAINING_IN_ELISA_TECHNIQUE.asp

elodie PERRIER Tue, 10 Jan 2006 18:16:12 +0100 (CET)

Est-ce que quelqu'un pourrais me donner une indication de prix (et du labo) pour faire une analyse Elisa ou PCR.
Quelle est la différence entre ces deux méthodes, y'en a t'il 1 à me conseiller.

Christophe LENTILLON Tue, 10 Jan 2006 18:55:36 +0100

Que recherchez vous à identifier et sur quel support? (dans l'eau ou contrôle de surface?)

Elkastalani MULTICOS Tue, 10 Jan 2006 18:54:00 +0100 (Paris, Madrid)


I. Analyse ELISA (Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay) – détection immunoenzymatique des protéines de l’enveloppe des virus.

1 Prise d’échantillon sur un sarment aoûté de vigne.

2 Ecrasement du tissu végétal analysé par une presse à genouillère.


3 Broyage du tissu par un broyeur à billes.

4 Paillasse de manipulation de réactifs avec un plan de plaque et des plaques.


5 Dépôt de réactifs dans une plaque.

6 Lecteur de plaques – spectrophotomètre à 405 nm.


7 Résultat d’analyse : plaque contenant des témoins et quelques échantillons dont certains sont atteints par le pathogène recherché (coloration jaune avec une intensité variable selon le degré de contamination).


II. Analyse PCR (Polymerase Chain Reaction) – détection par amplification de fragments spécifiques de génome (ADN ou ARN) du pathogène (sélection sanitaire) ou de la plante (cas de la sélection clonale).


1 Prise d’échantillon sur une feuille de vigne présentant des symptômes de maladie. 2 Distribution du tampon de broyage sous une hotte d’aspiration.


3 Broyage fin du tissu prélevé par un broyeur à billes.

4 Extraction de l’ADN par centrifugation.


5 Dépôt de l’ADN extrait et d’un mix réactionnel dans une microplaque PCR.

6 Amplification des fragments de l’ADN dans un thermocycleur.


7 Equipement pour l’électrophorèse et mélange de fragments amplifiés de l’ADN avec une substance colorante.

8 Trempage et agitations d’un gel d’agarose contenant les amplifiats après l’électrophorèse.

9 Révélation des bandes après l’illumination sous UV.


EL KASTALANI RABII

B. AIME Tue, 10 Jan 2006 20:08:32 +0100

Tout dépend de la matrice et de ce que vous recherchez. Avez vous un exemple à donner ?
Cd

elodie PERRIER Thu, 12 Jan 2006 09:05:57 +0100 (CET)

Je souhaite utiliser ce test sur des eaux de rinçage du nettoyage après une fabrication de produits (charcuterie) avec une présence d'allergènes (oeuf, lait, moutarde). Celà me permettrait de voir si mon nettoyage est suffisament efficace pour éliminer les traces d'allergènes.

LUNDI 06 FEVRIER 2006

EFFECT MEASURE 04/02/06 New CDC test: what is RT-PCR?
http://effectmeasure.blogspot.com/2006/02/new-cdc-test-what-is-rt-pcr.html

MARDI 07 FEVRIER 2006

INERIS FEV 2005 INFO SANTE ENVIRONNEMENT INTERIEUR. Au sommaire:
http://rsein.ineris.fr/bullinfo/bulletinpdf/bulletin_rsein_11.pdf

Analyse de la contamination fongique de la poussière de maison au moyen de la PCR quantitative

MARDI 21 FEVRIER 2006

CNW 20/02/06 Warnex first to launch quantitative PCR test for food testing
http://www.newswire.ca/en/releases/archive/February2006/20/c4021.html

MARDI 21 MARS 2006

LABORATORY TALK 21/03/06 Quantitative PCR test for food testing
Warnex has announced the launch of a quantitative test for Campylobacter for use with the real-time PCR-based Warnex rapid pathogen detection system
http://www.laboratorytalk.com/news/wan/wan100.html

VENDREDI 21 JUILLET 2006

FARMSCAPE 20/07/06 Molecular Methods for Detecting Food Borne Pathogens Replacing Methods Currently Used.
http://www.farmscape.com/f2ShowScript.aspx?i=22089&q=Molecular+Methods+for+Detecting+Food+Borne+Pathogens+Replacing+Methods+Currently+Used.

MERCREDI 09 AOUT 2006

FARMSCAPE 08/08/06 Molecular Detection Makes Identification of Foodborne Pathogens Faster, Easier and More Reliable
http://www.farmscape.com/f2ShowScript.aspx?i=22104&q=Molecular+Detection+Makes+Identification+of+Foodborne+Pathogens+Faster%2c+Easier+and+More+Reliable

VENDREDI 16 MARS 2007

MED VET NET - Project Reports. Au sommaire:
http://www.medvetnet.org/cms/templates/doc.php?id=117

WP10 - Food-PCR


LUNDI 28 MAI 2007

BIBLIOTHEQUE FUSAGX - 2000 - Au sommaire:
L'authentification rapide des poulets de chair sous label : distinction entre poulets issus de souches à croissance lente ou rapide par la spectrométrie dans le proche infrarouge
http://www.bib.fsagx.ac.be/library/base/content/v4n4.html

MARDI 29 MAI 2007

ENSA AGADIR - Cours en ligne. Au sommaire:
Spectroscopie d'absorption ultraviolette et visible

http://www.ensa-agadir.ac.ma/gpee/index.php?page=download

MERCREDI 27 FEVRIER 2008

MED VET NET - Annual Report 2006
http://www.medvetnet.org/cms/templates/doc.php?id=115
Au sommaire:
* Workpackage 10 - (Final Report) Validation and standardisation of PCR methods for detection and quantitative risk assessment of foodborne pathogens

JEUDI 15 MAI 2008

OIE - Revue scientifique et technique, Volume 26 (3), décembre 2007 (résumés en français et textes complets en anglais en ligne)
http://www.oie.int/fr/publicat/RT/F_RT26_3.htm
Au sommaire:
Incertitude des mesures dans les épreuves ELISA par compétition et ELISA indirecte (1)

VENDREDI 23 MAI 2008

LAB TECHNOLOGIST 16/05/08 Bio-Rad adds real-time PCR to its range
http://www.labtechnologist.com/news/ng.asp?id=85322-bio-rad-pcr

MARDI 08 JUILLET 2008

OPENMED - Meat species identification by real time PCR
http://openmed.nic.in/2941/
Kumari, Rajni (2007) Meat species identification by real time PCR. Masters
thesis, College of Veterinary Science and Animal Husbandry, Anand
Agricultural University, Anand, Gujarat - 388 001.

VENDREDI 05 DECEMBRE 2008

SPECTRA BIOLOGIE SPECTRA BIOLOGIE n° 158 o Avril 2007 Intérêt de l'assurance
qualité dans le domaine de la biologie moléculaire des virus
http://spectrabiology.com/Documents/SB158_46-50.pdf

SPECTRA BIOLOGIE n° 154 o Septembre - Octobre 2006 Microbiologie, PCR en
temps réel en routine : applications « maison » ou trousses ?
http://spectrabiology.com/Documents/SB154_39-43.pdf

MARDI 03 FEVRIER 2009

ONCFS Lettre SAGIR n° 163 - janvier 2009
http://www.oncfs.gouv.fr/events/point_faune/suivi-sanitaire/Lettre_163.pdf
AU SOMMAIRE NOTAMMENT:
La PCR ou comment trouver une aiguille dans une botte de foin

MARDI 03 FEVRIER 2009

PROCESS 02/02/09 OpGen identifie les microorganismes sur cartes optiques
http://www.editionsduboisbaudry.fr/bi/article.php?action=pa&id=44063

Gilles TIXIER Mardi 10. Février 2009 9:46

Mes collègues de PHYLOGÈNE ont innové :

OpGen identifie les microorganismes sur cartes optiques

La technologie OpGen (Phylogene) permet d¹établir une cartographie complète du génome des microorganismes.

Son automatisation pourrait bientôt réduire le délai d¹analyse de trois semaines à deux heures.

http://www.editionsduboisbaudry.fr/bi/article.php?action=pa&id=44063

Hubert BAZIN Mercredi 11. Février 2009 7:33

Superbe résultat de la recherche ...

Je serais *très* intéressé par comprendre comment on peut, en moins de 2 heures "allonger l'ADN, le couper (...), le révéler par fluorescence puis le mesurer". J'avais cru comprendre qu'hors du séquencage, il n'y avait point de salut, que la taille des fragments d'ADN n'était qu'un facteur permettant de se "rassurer" quant au résultat de la manip, mais jamais d'identifier un gène ?

Auriez-vous des infos plus scientifiques sur la méthodologie utilisée ? On ne fait plus d'amplification PCR ?, c'est bien ça ?

Quant au blast sur GeneBank - ou à toute base de données équivalente - comment peut-on valider la qualité des séquences qui y sont stockées ? Ce n'est pas une question en l'air : j'ai abordé ce sujet avec un certain nombre de chercheurs en biologie moléculaire, et ils n'ont pas de réponse satisfaisante (ou plutôt si : ils ont une réponse, qui ne satisfait presonne)

Nicolas BUJAUD Jeudi 12. Février 2009 9:12

Je réagis à ce type d'annonce en élargissant le sujet. Depuis 10 ans, on voit un nombre important d'intervenants (essentiellement des industriels du diagnostic humain américain) investir dans la biologie moléculaire en général, la PCR en particulier. Actuellement, si je regarde sur le site de l'Afnor, il y a pas mal de kit PCR validé pour la recherche de pathogène dans les aliments. Aussi, j'aimerai savoir, parmi les colistiers de cette liste, combien d'industries agro sont actuellement équipées pour la recherche de bactéries par PCR en routine? Est-ce que ce genre de technique apporte vraiment une réponse intéressante quant au délai, la précision, le coût, la mise en oeuvre, les faux positifs et, plus difficile, les faux négatifs?

Après 10 années de lobby important en Europe en général et en France en particulier, peut-on commencer à tirer des conclusions sur l'apport de cette technologie annoncée comme pouvant, en quelques heures simplement, trouver 1 pathogène dans n'importe laquelle des matrices.

Gilles TIXIER Jeudi 12. Février 2009 14:03

Je retransmets ici la réponse de Gilbert SKORSKI ( PHYLOGÈNE) aux message de Hubert BAZIN et de Nicolas BUJAUD

à noter que deux documents sont disponibles en les demandant à Gilbert SKORSKI :

* Optical maping (diaporama )

* Optical maps distinguish individual strains of Escherichia coli O157 : H7 (publication)

*

Cordialement

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Gilles TIXIER - Amplitude - Consultant Qualité & Hygiène (HACCP), en région PACA

Adél : amplitude@wanadoo.fr

Membre du réseau CASE : <http://www.reseau-case.com/gti/amplitude/>

Partenaire de l´Association " 4L Co-Filles " : <http://www.4lcofilles.com>

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Cette nouvelle technologie des Cartes Optiques du Génome est très performante, raison pour laquelle l´industrie des probiotiques s´y intéresse. Elle a permis :

- de tracer les différences entre souches produisant différents arômes, et de localiser quelle partie est concernée,

- d´obtenir une signature unique qui a servi de preuve à la Protection Industrielle

- de mettre en évidence une partie du génome spécifique permettant de monter des RT PCR différenciantes

- de connaître l´historique d´une souche, incluant les infections phagiques et les insertions qui en découlent

La Carte Optique du génome permet d´obtenir une carte de restriction au niveau de l´ADN d´un génome bactérien ou fongique entier présenté sous forme d´un code barre. Il est ensuite aisé de :

- Comparer les Cartes Optiques de souches entre elles et ainsi identifier les insertions, délétions et translocations pour monter des PCRs identifiantes, ou pour comprendre les différences phénotypiques, par exemple les différences entre souches de probiotiques. Des résultats étonnants ont été obtenus pouvant expliquer pourquoi une souche infectée par un phage n´exprimait plus un arôme.

- Identifier les organismes inconnus dans un mix de culture ou un produit vivant. Avec les techniques actuelles, on ne trouve que ce qu´on recherche, la technique des Cartes Optiques est descriptive

-Identifier les gènes présents dans une souche en comparaison avec une souche de référence séquencée. Le logiciel Mapviewer permet de constituer in silico la Carte Optique d´une souche séquencée et de comparer ainsi sa souche à celle-ci pour en identifier les parties identiques.

- Faire ou vérifier le montage d´un séquençage à partir des contigs, y compris sur des séquençages eucaryotes.

C´est une technologie qui est bien plus discriminante et reproductible que ce qui est utilisé aujourd´hui comme l´électrophorèse en champ pulsé, la repPCR, l´AFLP par le nombre de marqueurs bien plus élevé (minimum de 200 marqueurs sur un génome pour une 20aine en ECP) et de plus elle fonctionne sur des mélanges.

Pour plus d´information ou une démo dans MapViewer sous webex.

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Le facteur limitant à la PCR dans les usines reste encore à mon avis l´extraction de l´ADN

En ce qui concerne les Optical Maps, cette techno est descriptive des ADNs présents : on ne va pas chercher quelque chose de suspecté, on décrit ce qu´il y a.

Deux heures est l´objectif des machines, une fois la bactérie obtenue.

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Bien cordialement

Gilbert Skorski

<g.skorski@phylogene.com>

PHYLOGENE

62 RN 113 - 30620 Bernis

Ph: 33 4 66 04 77 99 Fax: 33 4 66 04 77 97

Mob: 33 6 76 21 97 54

www.phylogene.com

JEUDI 18 JUIN 2009

OIE - Numéro plurithématique Revue scientifique et technique 27 (3), 2008
http://www.oie.int/boutique/index.php?page=ficprod&id_produit=116&fichrech=1&lang=fr
Cartes de contrôle utilisant des sérums de contrôle pour déceler les erreurs
systématiques avec l’ELISA indirect (…)

Solutions aux problèmes posés par l’utilisation de l’amplification en chaîne
par polymérase comme test unique de diagnostic chez les animaux aquatiques

MARDI 13 OCTOBRE 2009

FOOD SAFETY INSIDER: Rapid Solutions in Microbiology
Real-Time PCR Test Speeds Time to Results
http://www.foodsafetymagazine.com/article.asp?id=3391&sub=sub1

JEUDI 20 MAI 2010

Journal of Chromatography A - MAI 2010 - Quantification of endocrine disruptors and pesticides in water by gas chromatography-tandem mass spectrometry. Method validation using weighted linear regression schemes
http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TG8-5017HKX-7&_user=8962519&_coverDate=05%2F06%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=8962519&md5=9152826b63d015d40a46d43982119b69
a Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge. Porto, Portugal
b Requimte, Faculdade de Farmácia, Universidade do Porto. Porto, Portugal
c Faculdade de Ciências da Nutrição e Alimentação, Universidade do Porto. Porto, Portugal
d Requimte, Instituto Superior de Engenharia do Porto. Porto, Portugal
e Requimte, Faculdade de Ciências, Universidade do Porto. Porto, Portugal
f Requimte, Universidade do Porto. Porto, Portugal 1700

MERCREDI 09 JUIN 2010

LAVOISIER - SEPT 2010 - Molecular detection of human viral pathogens
http://www.lavoisier.fr/notice/frLWOX23RAS6W2KR.html